La basilica è legata ad un fatto di cronaca avvenuto nel 1118, nel vivo delle lotte baronali tra le famiglie Frangipane e Pierleoni. Era stato eletto papa con l’appoggio dei Pierleoni Giovanni Caetani con il nome di Gelasio II, ma i Frangipane gli opposero, come antipapa, Gregorio VIII.
Si arrivò ad uno scontro: il 21 luglio i Frangipane irruppero armati in Santa Prassede, mentre il papa stava celebrando una messa, ma non riuscirono ad avvicinarsi a lui, che con ancora indosso i paramenti riuscì a fuggire, scappando da Roma,verso la Francia. La morte lo colse il 28 gennaio 1119 a Cluny, dove è sepolto.