L’evento più famoso di cui fu teatro l’antica basilica fu il cosiddetto Processo del cadavere che avvenne nel febbraio 897. Il cadavere in questione era quello di papa Formoso (891-896), colpevole da vivo di aver favorito il partito filogermanico in opposizione a quello nazional-spoletino, tanto da incoronare imperatore Arnolfo e non Lamberto di Spoleto.
A istruire il processo fu il suo successore Stefano VI per espressa volontà di Agertrude, madre di Lamberto. Il cadavere del papa, in una macabra adunanza di cardinali e vescovi, strappato al sepolcro, fu abbigliato con paramenti pontifici e messo a sedere sul trono. L’avvocato di papa Stefano certificò all’orrenda mummia i capi d’accusa, mentre un giovane diacono tutto tremante fungeva da avvocato difensore.
Stefano chiese al morto con furia: “Come hai potuto, per la tua folle ambizione, usurpare il seggio apostolico?” L’avvocato di Formoso addusse qualcosa. Il cadavere fu riconosciuto colpevole e condannato: trascinato per Roma e gettato nel fiume.